Şeyh Eyyüp Zaviyesi, Akşehir’in merkezinde günümüzde var olan türbesinin yakınlarında idi. Ne yazık ki bu zaviye binası günümüze kadar gelememiştir.
Şeyh Eyyüp Zaviyesinde geceleri ibadet etmek ve ders yapmak için kandiller devamlı yanardı. Akşehir halkı Allah katında sevap kazanabilmek için bu kandillere yağ verirlerdi. Nitekim Hz. Ali’nin Hz. Ömer için, “Mescitlerimizi aydınlattığı gibi Allah da onun kabrini aydınlatsın” diye dua ettiği bilinmektedir. Böylece tekkeye yağ verme alışkanlığı zamanla mum yakmaya dönüştü. Hatta tekke yıkıldıktan sonra bile Şeyh Eyyüp’ün kabrini aydınlatmak için türbe içerisinde, sandukaya yakın yerlerde mumlar yakılmaya devam edilmişti.
Şeyh Eyyüp, zaviyesi’nin uzun yıllar ayakta kalması için Şeyh Eyyüp Zaviyesi Vakfı’nı kurmuştu. 1483 yılındaki Murat Çelebi Defteri’ne göre;
Eski Deftere Yazılıdır Diyerek Merhum Şeyhin Neslinden Birisi Olan Eyyüp’ün Tasarrufundaki Şeyh Eyyüp Zaviye Vakfı
Yukarıda adı geçen Şeyhin ağaçlı bahçesi senelik 50
Hızır İlyas yanındaki bağ senelik 100
Yukarıda adı geçen bağa bitişik Bostan Ağa’nın bağı senelik 120
Bostan Ağa’nın çevresindeki yerde olanlar 300
Tercüman Mahallesindeki hanenin zemini senelik 4
Yekün: 574
Bu kayıta göre vakfın geliri 574 Akçe ve vakıf yönetimi Şeyhin neslinden olan Eyyüp’ün elindedir. 1500 tarihinde zaviyenin tasarrufu Şeyh Eyub neslinden Hasan bin Eyub eline geçmiş ve geliri 604 akçe olmuştur. Gelirler 1524’te 540 akçe olmuştur. Bulgaristan’a verilen evraklarda yeni bulunan ve 1535 yılına ait olan bir kayıtta ise şu şekilde veriler vardır:
Akşehir Merkezinde Bulunan Şeyh Eyyüp Zaviyesi Vakfı
Şeyh’in İpek havlu satılan yeri senelik: 20
Hızır-İlyas’daki(Hıdırlık) bağ senelik 70
Yukarıda adı geçen bağın yanındaki Sinan’ın arazisi senelik:200
Sinan Ağa’nın etrafındaki arazi senelik :100
Tercüman Mahallesi’ndeki evin arazisi senelik: 4
Yekün: 394
Şeyhlik makamının masrafları senelik gelirin üçte biri:191
Misafirlerin yemek masrafı senelik gelirin üçte ikisi:263
Şeyhlik makamının masrafları evladı olma şartına bağlıdır, şartlar olmazsa bu durum sona erer. Şu anda vakıf, vakfın şartları neticesinde ve Sultan Selim Han’ın beratı(izin belgesi) ile torununun torunu Abdi’nin elindedir.”
Bu kayıttan anlıyoruz ki o devirde vakfın geliri 394 Akçe imiş ve vakıf yönetimi Şeyh Eyyüp neslinden gelen Abdi’nin elindedir.
1584’te geliri ise 430 Akçe olmuştur. 1898 yılında verilen bir ilanda: “Üçte bir hisse ile zaviyedarlık, diğer üçte biri ile idare eden Hasan Kızı, Tayyibe Hanım’ın vefat etmiş ve Tayyibe Hanım’ın vefatı ile üçte bir zaviyedarlık hissesi büyük oğulları Hafız Mehmet Emin ve Ahmet efendilere verilmesine dair verilen ilan verilmişti. Buradan da anlaşılacağı üzere zaviye H./1316/M.1898 yıllarında hizmetine açık olup içinde fukaraya yemek verildiği ve sağlam ve ayakta olduğu anlaşılmaktadır