Harbiye ve Erkan-ı Harbiye mezunudur. Sadaret Makamı Yaverliği, Levazımatı Umumiye Reisliği, Harp Encümeni Kâtipliği, Hava Kuvvetleri Müfettişliği, 4. Tümen Tugay Komutanlığı, 33. Tümen Komutanlığı 9. V e 6. Kolordu Komutanlığı, Tunceli valiliği ve Komutanlığı yapmıştır. Muzaffer Ergüder 1922 yılında Akşehir Maarif köyünde bulunan hava pistine gelmiş ve gördüklerini hatırlarında kaleme almıştır. Ergüder o günlere dair notları şu şekildedir:
“ Büyük Taaruz’un öncesinde, Anadolu’nun Batı Cephesi’nde iki gün sonra kesin olarak icrasına karar verilmiş olan şan ve şeref bayramı için hazırlanıyor, her iş plan çerçevesinde düzenleniyordu. Savaş alanına katılmak için 23 Ağustos günü Akşehir’e gelmiş olan, Hava Kuvvetleri Müfettişi, Cephe Komutanının emirlerini almış ve Cephe Tayyare bulunduğu meydana varmıştı.(Maarif) Düz ve temiz bir meydana kurulmuş karargâhın çadırlarını küçük bir tamirhane gören bölümü, uçucuların kaldıkları yeri bir daha görmüş ve kendisine elde bulunan 22 tayyareden 9 tanesinin uçuşa hazır olduğu haberi verilmişti. 22’ye karşı 9 oran büyüktü. Hangarlar bir kere daha dolaşıldı Uçuşa hazır olmayanların tipleri ve ne gibi eksiklikleri olduğu tespit edildi. Nihayet uçması zor olan aynı tipten dört tayyarenin motor aksamından, pervanelerinden, tekerleklerinden, kablolarından yararlanılarak tamamlanması mümkün olan diğer tayyarelerin uçar hale getirilmesi kararlaştırıldı ve derhal çalışmaya başlanıldı. 26 Ağustos sabahı Büyük Taarruz’ un başlangıcında 18 tayyarenin uçuşa hazır olabileceği tespit edildi.”
Orgeneral Muzaffer Ergüder, Kurtuluş Savaşı bitince göstermiş olduğu gayret ve kahramanlıkları neticesinde İstiklal Madalyası ile taltif edilmiştir. Ergüder, Cumhuriyet döneminde X. Dönem Ankara milletvekilliği yapmıştır. Ergüder 19 Şubat 1962 yılında vefat etmiştir.