İlk mezarlığın kapladığı sahayı kesin olarak bilemiyoruz. Mezarlığın batı ve kuzey kapılarından gelen yollar türbenin önünde kavuşurlar. Doğudan ve güneyden gelen yolların da kavşak noktası burasıdır. Türbe mezarlığın mihrakıdır. Akşehir Kalesi'nin güneye, Selçuklu Devleti’nin başkenti Konya tarafına açılan kapısına “Koca Kapı” derlerdi.
Başkent yönünden gelen yolcular şehre girmeden evvel kervansaraylar, imaretler, hanlar, zaviyeler ve medreselerin bulunduğu bu Koca Kapı’nın önüne gelirlerdi. Eğer vakit geç ise burada konaklar, ertesi gün kale kapıları açılınca şehre girerlerdi.
Selçuklu döneminde Koca Kapı önü Akşehir’in en gelişmiş kısmıydı. Mezarlığın güneyinde Musella Mescidi, güney batısında Mesut Paşa’nın kervansaray, cami ve türbeden müteşekkil mamuresi, Kuzeyinde Sinaneddini Akşehri’nin vakıf hücreleri ve yol aşırı batısında eski imaret ve medreseler vardı.
Beylikler döneminde ve Osmanlılar'ın Akşehir’i ele geçirdiği ilk dönemlerde Koca Kapı önü gelişmişliğini kaybetti.
Mezarlığın eskiden etrafını bir duvarın sarıp sarmadığını bilmiyoruz. Ancak sonradan hızlı bir şekilde büyüdüğü ve sahasını genişlettiği muhakkaktır. (Konyalı, 1945:458).
Günümüzde Nasreddin Hoca Türbesi, Akşehir Nasreddin Hoca Mezarlığı’nın tam ortasında yer almaktadır. Türbenin etrafı düzenlenmiş ve yeşillendirilmiştir.
Bugün Nasreddin Hoca Mezarlığı’nın tam ortasında yer alan Nasreddin Hoca Türbesi'nin, Anadolu Selçukluları döneminde yapıldığı kabul edilmektedir. Akşehir, Başkent Konya’ya yakın olduğu için zamanın pek çok din alimi buraya yerleşmiş ve içerisinde ibadet yerleri, aşhane, hamam ve çamaşırhane gibi binaların bulunduğu külliye şeklinde tekkeleri kurmuşlardır. Bu tekkelerin önde gelenleri ölünce hemen o binalar içerisinde yapılan bir türbeye defnedilmişlerdir. Örneğin Seyyid Mahmud Hayrani, Yağlıdede, Hacı İbrahim Veli Sultan gibi. Pirlerin ölen diğer yakınları da ya türbe içerisine ya da türbe etrafında toprağa verilmiştir.
Akşehir Nasreddin Hoca Mezarlığı’nda bulunan en eski mezar taşı 1205 tarihlidir. Ancak mezarlık kurulduğu devirde bugünkü lise binasının olduğu yerde kurulmuştu. Araştırmalara göre Hasan Paşa İmaret Camii'nin yerinde eski bir cami
ve yine yakınında Nasreddin Hoca’nın tekkesi vardı. Buradan yola çıkacak olursak Hoca ölünce tekkesinin bahçesine gömülmüş ve zamanla tekke yıkılmış. Türbe de büyüyen Akşehir mezarlığının içerisinde kalmıştır.
Nasreddin Hoca Türbesi'nin yapılması ile ilgili pek çok iddia ve rivayet vardır. Walavani’ye göre bu mezarı yapanın fikri, Nasreddin Hoca Türbesi Asya’da tek olmalıydı ve başkasında bu mezar olmamalıydı.
Aralov’a göre Nasreddin Hoca Türbesi, Nasreddin Hoca ölmeden önce yapılmıştı.
Kunos ve Uburcini ise Nasreddin Hoca Türbesi’nin yapılışı ile ilgili bir rivayete yer vermişlerdir. Bu rivayete göre Nasreddin Hoca şehri yöneten zengininden (veya Timur’dan) bir anıt kurma amacıyla on altın istedi. Her zaman bu kadar cömert olmayan zengin ne yapacağını merak ettiği için onun bu garip isteğini yerine getirdi. Nasreddin bir tarlanın ortasına evsiz bir kapı inşa etmiş. Üstüne de koca bir asma kilidi asmış. Bu kapıya dört ahşap direk ve koruma amacıyla bir kare ahşap çatı ilave edilebilir ve içerisine mezar taşı konulabilir diye düşünmüş. Yönetici zengin ve saraylıları bu deliliğe kahkahaları ile gülmüşler. Hoca hükümdara dönmüş:
- Torunlarınız sizi ziyaret etmek için yüksek taş binalara gözyaşı ile girerken; Nasreddin’in mezarına ise insanlar şenlik içinde gelecekler ve dudaklarında mutlu bir gülümseme olacak ve Nasreddin’in kapısında gülmekten gözyaşı dökecekler, dedi. Nitekim böyle de oldu ve Hoca oraya gömüldü.
Yine bir iddiaya göre Nasreddin Hoca öldüğü zaman insanlara bakacak bir pencere istediğinden mezarın taş işçiliği yapılırken mezarda ufak bir delik bırakılmıştı.
Bütün bu iddia ve rivayetler Nasreddin Hoca Türbesi’nin sıradan bir türbe gibi yapılmadığını göstermektedir.